Metrics computation improvements

output/run_3metrics.csv

@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fal
 prigsa2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
 popstr2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
 nanosatellite,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
-tricolor,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
-repet,True,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,False
+tricolor,True,True,True,True,False,False,True,True,False,True,True,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
+repet,True,True,True,True,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,False
 kmasker,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
-kmasker,True,True,True,True,True,False,True,False,False,False,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
+kmasker,True,True,True,True,True,False,True,True,False,False,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
 ostrfpd,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 ultra,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 pipealign2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
@@ -45,8 +45,8 @@ interpro,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa
 pfam,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
 repeatsdb,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
 reputer,False,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False
-reputer,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False
-radar,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
+reputer,False,True,True,True,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False
+radar,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
 trdistiller,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
 gcat,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
 kmer-ssr,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa
 lrrsearch,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 detectir,False,True,True,False,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 esap plus,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
-spotyping,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+spotyping,True,True,True,False,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 sewer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
 gream,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 mreps,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fals
 repeatoire,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
 eslpred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 strap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-genebreak,True,True,True,False,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,True,True,False,False,True,False,False,True,False
+genebreak,True,True,True,False,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,False,False,True,True,False,False,True,False,False,True,False
 subseqer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 adgo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 barcode generator,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
@@ -101,41 +101,41 @@ pbil,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,
 uniqueprot,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 rjprimers,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 tmsoc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-oddcomp,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-palindrome,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-cpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-newcpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-freak,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-density,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-geecee,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-compseq,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-chaos,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+oddcomp,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+palindrome,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+cpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+newcpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+freak,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+density,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+geecee,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+compseq,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+chaos,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
 seqentropy,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
-sbars,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
-equicktandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+sbars,False,True,True,False,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
+equicktandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
 genes by isoelectric point,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
-mwcontam,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-wordcount,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-emowse,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-etandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-iva,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
-newcpgseek,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+mwcontam,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+wordcount,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+emowse,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+etandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+iva,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False
+newcpgseek,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
 trust,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
 peptide match,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
-mwfilter,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+mwfilter,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
 repdenovo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
-cpgplot,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-isochore,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-einverted,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
+cpgplot,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+isochore,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
+einverted,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
 pssrdb,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
-lalign,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
-censor,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
+lalign,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
+censor,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
 satellog,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
-newcpgreport (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
-cpgplot (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
+newcpgreport (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
+cpgplot (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
 polyq,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
 tral,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
-isochore (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False
+isochore (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
 reupred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,False,False
 trap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
 vntrfinder,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False

output/run_3scores.csv

@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
 prigsa2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
 popstr2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
 nanosatellite,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
-tricolor,0.9400000000000002,0.565,0.6,0.7,0.7012499999999999
-repet,1.0,0.6399999999999999,0.6,0.5,0.6849999999999999
+tricolor,0.9400000000000002,0.7049999999999998,0.6,0.7,0.7362500000000001
+repet,1.0,0.7799999999999999,0.6,0.5,0.72
 kmasker,1.0,0.0,0.6,0.7,0.575
-kmasker,1.0,0.5,0.6,0.7,0.7
+kmasker,1.0,0.6399999999999999,0.6,0.7,0.7349999999999999
 ostrfpd,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975
 ultra,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975
 pipealign2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
@@ -45,7 +45,7 @@ interpro,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 pfam,0.54,0.42,0.1,0.5,0.39
 repeatsdb,0.9400000000000002,0.0,0.1,0.5,0.38500000000000006
 reputer,0.6000000000000001,0.42,0.7,0.5,0.5549999999999999
-reputer,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.7,0.5,0.61
+reputer,0.6000000000000001,0.7799999999999999,0.7,0.5,0.645
 radar,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44
 trdistiller,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
 gcat,0.9400000000000002,0.15,0.0,0.3,0.34750000000000003
@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 lrrsearch,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 detectir,0.54,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.42
 esap plus,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
-spotyping,0.9400000000000002,0.15,0.0,0.5,0.3975
+spotyping,0.9400000000000002,0.29,0.0,0.5,0.43250000000000005
 sewer,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
 gream,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 mreps,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 repeatoire,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
 eslpred,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 strap,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
-genebreak,0.9400000000000002,0.6399999999999999,0.22,0.5,0.575
+genebreak,0.9400000000000002,0.7799999999999999,0.22,0.5,0.6100000000000001
 subseqer,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 adgo,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 barcode generator,0.48,0.15,0.0,0.5,0.2825
@@ -101,32 +101,32 @@ pbil,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 uniqueprot,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 rjprimers,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
 tmsoc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
-oddcomp,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-palindrome,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-cpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-newcpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-freak,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-density,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-geecee,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-compseq,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-chaos,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
+oddcomp,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+palindrome,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+cpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+newcpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+freak,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+density,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+geecee,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+compseq,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+chaos,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
 seqentropy,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
-sbars,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
-equicktandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
+sbars,0.54,0.29,0.0,0.3,0.28250000000000003
+equicktandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
 genes by isoelectric point,0.48,0.0,0.1,0.5,0.27
-mwcontam,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-wordcount,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-emowse,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-etandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-iva,0.54,0.075,0.0,0.0,0.15375
-newcpgseek,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
+mwcontam,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+wordcount,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+emowse,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+etandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+iva,0.54,0.075,0.0,0.3,0.22875
+newcpgseek,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
 trust,0.54,0.42,0.0,0.3,0.315
 peptide match,0.54,0.0,0.1,0.5,0.28500000000000003
-mwfilter,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
+mwfilter,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
 repdenovo,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
-cpgplot,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-isochore,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
-einverted,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435
+cpgplot,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+isochore,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
+einverted,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
 pssrdb,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
 lalign,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44
 censor,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44

src/biotools_quality_assessment.py

@@ -4,6 +4,9 @@ import yaml
 import sys
 
 
+global webTypes
+webTypes = ['Web API', 'Web application', 'Web service', 'Suite', 'Workbench', 'Database portal']
+
 
 def prepFAIRcomp(instances):
     global stdFormats
@@ -129,8 +132,6 @@ class instance(object):
 
     ##============== Accessibility metrics computation functions ================
 
-    global webTypes
-    webTypes = ['Web API', 'Web application', 'Web service', 'Suite', 'Workbench', 'Database portal']
     def compA1_1(self):
         '''
         WEB
@@ -252,7 +253,8 @@ class instance(object):
         if self.super_type == 'no_web':
             eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
             for url in self.links:
-                if True in  [a in url for a in eInfra]:
+                for e in eInfra:
+                    if e in url['url']:
                         return(True)
                 else:
                     return(False)
@@ -268,10 +270,11 @@ class instance(object):
         Whether the software can be used in several e-infrastructure
         '''
         if self.super_type == 'no_web':
-            eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
             count = 0
+            eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
             for url in self.links:
-                if True in  [a in url for a in eInfra]:
+                for e in eInfra:
+                    if e in url['url']:
                         count += 1
             if count>1:
                 return(True)
@@ -424,6 +427,8 @@ class instance(object):
         for doc in self.documentation:
             if doc[0][0].lower() == 'conditions of use':
                 return(True)
+            if doc[0][0].lower() == 'terms of use':
+                return(True)
 
         return(False)
 
@@ -509,7 +514,7 @@ class instance(object):
         self.metrics.A3_2 = self.compA3_2()
         self.metrics.A3_3 = self.compA3_3()
         self.metrics.A3_4 = self.compA3_4()
-        self.metrics.A3_5 = self.compA3_4()
+        self.metrics.A3_5 = self.compA3_5()
 
         self.metrics.I1_1 = self.compI1_1()  # TO DO
         #self.metrics.I1_2 = False # NOT FOR NOW
@@ -531,6 +536,7 @@ class instance(object):
         self.metrics.R2_2 = self.compR2_2()
 
         #self.metrics.R3_1 = False # Not for now
+
         self.metrics.R3_2 = self.compR3_2()
 
         self.metrics.R4_1 = self.compR4_1()
@@ -738,7 +744,8 @@ class biotoolsToolsGenerator(toolGenerator):
         return(doc)
     
     def parse_install_instr(self, tool, newInst):
-        if 'Manual' in [ doc[0] for doc in newInst.documentation ]:
+        for d in newInst.documentation:
+            if 'manual' in d[0][0].lower():
                 return(True)
         else:
             return(False)