Commit 1ed5edc8 authored by emarti2's avatar emarti2
Browse files

Metrics computation improvements

parent 31180b32
This diff is collapsed.
...@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fal ...@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fal
prigsa2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False prigsa2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
popstr2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False popstr2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
nanosatellite,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False nanosatellite,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
tricolor,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True tricolor,True,True,True,True,False,False,True,True,False,True,True,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
repet,True,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,False repet,True,True,True,True,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,False
kmasker,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True kmasker,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
kmasker,True,True,True,True,True,False,True,False,False,False,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True kmasker,True,True,True,True,True,False,True,True,False,False,True,True,False,False,True,True,True,False,False,False,True,False,False,True,True
ostrfpd,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False ostrfpd,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
ultra,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False ultra,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
pipealign2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False pipealign2,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False
...@@ -45,8 +45,8 @@ interpro,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa ...@@ -45,8 +45,8 @@ interpro,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa
pfam,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False pfam,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
repeatsdb,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False repeatsdb,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
reputer,False,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False reputer,False,True,True,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False
reputer,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False reputer,False,True,True,True,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,True,True,True,True,False,False,True,False,False,True,False
radar,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False radar,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
trdistiller,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False trdistiller,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
gcat,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False gcat,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
kmer-ssr,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False kmer-ssr,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
...@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa ...@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,Fa
lrrsearch,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False lrrsearch,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
detectir,False,True,True,False,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False detectir,False,True,True,False,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
esap plus,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False esap plus,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
spotyping,True,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False spotyping,True,True,True,False,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
sewer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False sewer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
gream,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False gream,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
mreps,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False mreps,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
...@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fals ...@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,Fals
repeatoire,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False repeatoire,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
eslpred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False eslpred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
strap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False strap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
genebreak,True,True,True,False,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,True,True,False,False,True,False,False,True,False genebreak,True,True,True,False,True,False,True,True,False,True,True,True,False,False,False,False,True,True,False,False,True,False,False,True,False
subseqer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False subseqer,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
adgo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False adgo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
barcode generator,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False barcode generator,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
...@@ -101,41 +101,41 @@ pbil,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False, ...@@ -101,41 +101,41 @@ pbil,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,
uniqueprot,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False uniqueprot,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
rjprimers,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False rjprimers,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
tmsoc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False tmsoc,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
oddcomp,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False oddcomp,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
palindrome,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False palindrome,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
cpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False cpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
newcpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False newcpgreport,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
freak,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False freak,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
density,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False density,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
geecee,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False geecee,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
compseq,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False compseq,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
chaos,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False chaos,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
seqentropy,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False seqentropy,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
sbars,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False sbars,False,True,True,False,True,False,False,True,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
equicktandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False equicktandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
genes by isoelectric point,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False genes by isoelectric point,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
mwcontam,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False mwcontam,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
wordcount,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False wordcount,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
emowse,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False emowse,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
etandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False etandem,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
iva,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False iva,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False
newcpgseek,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False newcpgseek,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
trust,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False trust,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
peptide match,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False peptide match,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
mwfilter,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False mwfilter,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
repdenovo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False repdenovo,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
cpgplot,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False cpgplot,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
isochore,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False isochore,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
einverted,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False einverted,False,True,True,True,True,False,True,False,False,True,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,True,True,False
pssrdb,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False pssrdb,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False
lalign,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False lalign,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
censor,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False censor,False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
satellog,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False satellog,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
newcpgreport (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False newcpgreport (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
cpgplot (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False cpgplot (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
polyq,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False polyq,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False
tral,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False tral,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,True,False
isochore (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,False,True,False isochore (ebi),False,True,True,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,False,True,True,True,True,False
reupred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,False,False reupred,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,True,False,False,True,False,False,False,False
trap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False trap,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
vntrfinder,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False vntrfinder,False,True,True,False,True,False,False,False,False,False,True,True,False,False,False,False,False,False,False,False,True,False,False,False,False
......
...@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135 ...@@ -3,10 +3,10 @@ repeatmodeler,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
prigsa2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135 prigsa2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
popstr2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135 popstr2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
nanosatellite,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185 nanosatellite,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
tricolor,0.9400000000000002,0.565,0.6,0.7,0.7012499999999999 tricolor,0.9400000000000002,0.7049999999999998,0.6,0.7,0.7362500000000001
repet,1.0,0.6399999999999999,0.6,0.5,0.6849999999999999 repet,1.0,0.7799999999999999,0.6,0.5,0.72
kmasker,1.0,0.0,0.6,0.7,0.575 kmasker,1.0,0.0,0.6,0.7,0.575
kmasker,1.0,0.5,0.6,0.7,0.7 kmasker,1.0,0.6399999999999999,0.6,0.7,0.7349999999999999
ostrfpd,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975 ostrfpd,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975
ultra,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975 ultra,0.54,0.15,0.0,0.5,0.2975
pipealign2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135 pipealign2,0.54,0.0,0.0,0.0,0.135
...@@ -45,7 +45,7 @@ interpro,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 ...@@ -45,7 +45,7 @@ interpro,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
pfam,0.54,0.42,0.1,0.5,0.39 pfam,0.54,0.42,0.1,0.5,0.39
repeatsdb,0.9400000000000002,0.0,0.1,0.5,0.38500000000000006 repeatsdb,0.9400000000000002,0.0,0.1,0.5,0.38500000000000006
reputer,0.6000000000000001,0.42,0.7,0.5,0.5549999999999999 reputer,0.6000000000000001,0.42,0.7,0.5,0.5549999999999999
reputer,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.7,0.5,0.61 reputer,0.6000000000000001,0.7799999999999999,0.7,0.5,0.645
radar,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44 radar,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44
trdistiller,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475 trdistiller,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
gcat,0.9400000000000002,0.15,0.0,0.3,0.34750000000000003 gcat,0.9400000000000002,0.15,0.0,0.3,0.34750000000000003
...@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 ...@@ -56,7 +56,7 @@ vivaxgen,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
lrrsearch,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 lrrsearch,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
detectir,0.54,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.42 detectir,0.54,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.42
esap plus,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185 esap plus,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
spotyping,0.9400000000000002,0.15,0.0,0.5,0.3975 spotyping,0.9400000000000002,0.29,0.0,0.5,0.43250000000000005
sewer,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185 sewer,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
gream,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 gream,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
mreps,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 mreps,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
...@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 ...@@ -87,7 +87,7 @@ protinfo ppc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
repeatoire,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475 repeatoire,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
eslpred,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 eslpred,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
strap,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 strap,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
genebreak,0.9400000000000002,0.6399999999999999,0.22,0.5,0.575 genebreak,0.9400000000000002,0.7799999999999999,0.22,0.5,0.6100000000000001
subseqer,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 subseqer,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
adgo,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 adgo,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
barcode generator,0.48,0.15,0.0,0.5,0.2825 barcode generator,0.48,0.15,0.0,0.5,0.2825
...@@ -101,32 +101,32 @@ pbil,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 ...@@ -101,32 +101,32 @@ pbil,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
uniqueprot,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 uniqueprot,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
rjprimers,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 rjprimers,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
tmsoc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26 tmsoc,0.54,0.0,0.0,0.5,0.26
oddcomp,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 oddcomp,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
palindrome,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 palindrome,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
cpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 cpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
newcpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 newcpgreport,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
freak,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 freak,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
density,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 density,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
geecee,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 geecee,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
compseq,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 compseq,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
chaos,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 chaos,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
seqentropy,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475 seqentropy,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
sbars,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475 sbars,0.54,0.29,0.0,0.3,0.28250000000000003
equicktandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 equicktandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
genes by isoelectric point,0.48,0.0,0.1,0.5,0.27 genes by isoelectric point,0.48,0.0,0.1,0.5,0.27
mwcontam,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 mwcontam,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
wordcount,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 wordcount,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
emowse,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 emowse,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
etandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 etandem,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
iva,0.54,0.075,0.0,0.0,0.15375 iva,0.54,0.075,0.0,0.3,0.22875
newcpgseek,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 newcpgseek,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
trust,0.54,0.42,0.0,0.3,0.315 trust,0.54,0.42,0.0,0.3,0.315
peptide match,0.54,0.0,0.1,0.5,0.28500000000000003 peptide match,0.54,0.0,0.1,0.5,0.28500000000000003
mwfilter,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 mwfilter,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
repdenovo,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475 repdenovo,0.54,0.15,0.0,0.3,0.2475
cpgplot,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 cpgplot,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
isochore,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 isochore,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
einverted,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.5,0.435 einverted,0.6000000000000001,0.6399999999999999,0.0,0.8,0.51
pssrdb,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185 pssrdb,0.54,0.0,0.0,0.2,0.185
lalign,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44 lalign,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44
censor,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44 censor,0.54,0.42,0.0,0.8,0.44
......
...@@ -4,6 +4,9 @@ import yaml ...@@ -4,6 +4,9 @@ import yaml
import sys import sys
global webTypes
webTypes = ['Web API', 'Web application', 'Web service', 'Suite', 'Workbench', 'Database portal']
def prepFAIRcomp(instances): def prepFAIRcomp(instances):
global stdFormats global stdFormats
...@@ -129,8 +132,6 @@ class instance(object): ...@@ -129,8 +132,6 @@ class instance(object):
##============== Accessibility metrics computation functions ================ ##============== Accessibility metrics computation functions ================
global webTypes
webTypes = ['Web API', 'Web application', 'Web service', 'Suite', 'Workbench', 'Database portal']
def compA1_1(self): def compA1_1(self):
''' '''
WEB WEB
...@@ -252,8 +253,9 @@ class instance(object): ...@@ -252,8 +253,9 @@ class instance(object):
if self.super_type == 'no_web': if self.super_type == 'no_web':
eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.'] eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
for url in self.links: for url in self.links:
if True in [a in url for a in eInfra]: for e in eInfra:
return(True) if e in url['url']:
return(True)
else: else:
return(False) return(False)
return(False) return(False)
...@@ -268,11 +270,12 @@ class instance(object): ...@@ -268,11 +270,12 @@ class instance(object):
Whether the software can be used in several e-infrastructure Whether the software can be used in several e-infrastructure
''' '''
if self.super_type == 'no_web': if self.super_type == 'no_web':
eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
count = 0 count = 0
eInfra = ['vre.multiscalegenomics.eu', 'galaxy.', 'usegalaxy.']
for url in self.links: for url in self.links:
if True in [a in url for a in eInfra]: for e in eInfra:
count += 1 if e in url['url']:
count += 1
if count>1: if count>1:
return(True) return(True)
...@@ -424,6 +427,8 @@ class instance(object): ...@@ -424,6 +427,8 @@ class instance(object):
for doc in self.documentation: for doc in self.documentation:
if doc[0][0].lower() == 'conditions of use': if doc[0][0].lower() == 'conditions of use':
return(True) return(True)
if doc[0][0].lower() == 'terms of use':
return(True)
return(False) return(False)
...@@ -509,7 +514,7 @@ class instance(object): ...@@ -509,7 +514,7 @@ class instance(object):
self.metrics.A3_2 = self.compA3_2() self.metrics.A3_2 = self.compA3_2()
self.metrics.A3_3 = self.compA3_3() self.metrics.A3_3 = self.compA3_3()
self.metrics.A3_4 = self.compA3_4() self.metrics.A3_4 = self.compA3_4()
self.metrics.A3_5 = self.compA3_4() self.metrics.A3_5 = self.compA3_5()
self.metrics.I1_1 = self.compI1_1() # TO DO self.metrics.I1_1 = self.compI1_1() # TO DO
#self.metrics.I1_2 = False # NOT FOR NOW #self.metrics.I1_2 = False # NOT FOR NOW
...@@ -531,6 +536,7 @@ class instance(object): ...@@ -531,6 +536,7 @@ class instance(object):
self.metrics.R2_2 = self.compR2_2() self.metrics.R2_2 = self.compR2_2()
#self.metrics.R3_1 = False # Not for now #self.metrics.R3_1 = False # Not for now
self.metrics.R3_2 = self.compR3_2() self.metrics.R3_2 = self.compR3_2()
self.metrics.R4_1 = self.compR4_1() self.metrics.R4_1 = self.compR4_1()
...@@ -738,8 +744,9 @@ class biotoolsToolsGenerator(toolGenerator): ...@@ -738,8 +744,9 @@ class biotoolsToolsGenerator(toolGenerator):
return(doc) return(doc)
def parse_install_instr(self, tool, newInst): def parse_install_instr(self, tool, newInst):
if 'Manual' in [ doc[0] for doc in newInst.documentation ]: for d in newInst.documentation:
return(True) if 'manual' in d[0][0].lower():
return(True)
else: else:
return(False) return(False)
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment